Em Alagoinhas, a Gestão Ambiental iniciou com a reestruturação da administração publica do poder executivo municipal através da Lei Complementar de número 006/2003. Esta Lei instituiu como órgão da administração direta, a Secretaria Municipal de Planejamento, Desenvolvimento Econômico e Meio Ambiente (SEPLA), dividida em diretorias.
Ações iniciadas pela Diretoria de Meio Ambiente e Agricultura, como a construção de minutas e aprovação de Leis municipais ambientais, o funcionamento do Conselho Municipal de Defesa do Meio Ambiente (COMDEMA), a aquisição de equipamentos, elaboração de formulários e o convênio entre Prefeitura e Estado para o licenciamento, foram decisivas para implementação da gestão ambiental em Alagoinhas.
É importante lembrar que na década de 90, as primeiras leis ambientais do município foram criadas e aprovadas, como a Lei de nº 1.269/1999, que cria o Conselho Municipal de Defesa do Meio Ambiente (COMDEMA), Lei de nº 1.789/2006 que cria o Fundo Municipal de Meio Ambiente (FMMA) e o decreto de nº 2.317/2006 que regulamenta este Fundo, o que possibilitou em 2001 a Prefeitura Municipal de Alagoinhas firmar um convênio com o Estado da Bahia para realizar o Licenciamento de empreendimentos em âmbito municipal.
Em 2005, a Lei Complementar de nº 016/2005 altera a Lei Complementar de nº 006/2003 e cria a Secretaria de Planejamento e Orçamento (SEPLA), e a Secretaria de Desenvolvimento Econômico e Meio Ambiente (SEDEA), definindo as ações de cada setor. Sem dúvidas essa divisão valorizou bastante a estrutura da gestão ambiental municipal, uma vez que a atenção dos gestores tornou-se mais específica e os recursos ficaram mais acessíveis aos setores.
A SEDEA, através da Direção de Meio Ambiente, passou a funcionar com mais vigor quanto a fiscalização ambiental, passando a atuar no atendimento a denúncias, solicitações e na realização de processos de licenciamentos.
Em 2009, o Conselho Estadual do Meio Ambiente (CEPRAM), através da resolução de nº 3.925/2009, divulga o Programa de Gestão Ambiental Compartilhada (GAC), que tem a finalidade de fortalecer a gestão ambiental local, através do acordo de cooperação entre Estado e Municípios.
Em 2012, a SEDEA consegue a adesão ao programa GAC, com a publicação do Código Municipal de Meio Ambiente (Lei Complementar 083/2012), porém nunca deixou de licenciar os empreendimentos do município. Atualmente a SEDEA é referencia quanto Gestão Ambiental Municipal.